迁都就迁吧，朱棣也真想得出，他不仅克隆了南京皇宫的建筑设计格局，还对它进行大拆卸。按理说，北京周围到处都是山，营造皇宫需要的巨型石料最便捷的途径就是就地取材，但也不知出于何种真实的想法，朱棣竟将建造南京明皇宫的巨型石材拆卸下来，劳师动众地运往北京。
经过这么一番折腾，明故宫就显得凌乱不堪。虽然在以后的明朝，南京还是陪都，但今非昔比了，皇家不在这里，皇宫无人精心看管，中期前后发生了大火灾，前朝三大殿、内花园等先后遭毁。所以，利玛窦来中国的时候，从时间上来看，他可能没有见过明故宫原来的全景，只是应该还有一些大宫殿，譬如乾清宫、坤宁宫等后廷三宫及文华殿、武英殿等还没有被毁。
【清军入关】
明末清初，清军铁骑疾风般地南下，他们不仅军事上占领了明朝的陪都南京，还肆意蹂躏南京的明故宫。清军在午门前筑起八旗兵驻防城，把将军、都统二署设在明故宫。这些大兵们在这里爱怎么折腾就怎么折腾，反正这是他们的营地，“外人”无法问及，也不敢问及。至今留下带有阵阵隐痛和颇多无奈的一些地名，如城东南的御道街南端有“蓝旗营”、“蓝旗街”，在明故宫西北处有“马标”、“炮标”。
【太平天国运动】
清末太平天国运动爆发，太平军与驻扎在明故宫的清军进行了激烈的战斗，昔日皇宫成为战场，明故宫遭受的第三场浩劫开始了。
太平军占领南京后，为了修建天王府以及其他诸王的府第，他们就到明故宫去就地取材，见什么拿什么，能拆得动的，能搬得动的，全部搬走。他们新建的王府如今在南京也见不到了，到哪里去了呢?后来又被清军一把火给烧了。而明故宫在历经这3次大浩劫后，只剩下了断垣残壁。
南京明故宫现状
1929年，孙中山先生的遗体从北京运回南京安葬，灵车要从新街口一路东行至中山陵，交通不畅，当时的国民政府就斥资修筑了今天的中山东路，这条路正好将早已满目疮痍的明故宫一分为二，即今天的午朝门公园和明故宫公园。如今公园里仅有极少一部分遗迹尚存。明故宫虽然被毁了，但它的历史地位不可磨灭。
