幽灵火车可能与费城实验有关
莫斯科大学的讲师、物理学家兼数学家伊凡·帕特塞，是对幽灵火车感兴趣的一批科学家中的领头人，他们中间有铁路专家、哲学家，还有其他专业的科学家，他们在幽灵火车曾经出现过的地区的火车交叉道口处进行了多次调查研究。帕特塞的初步结论是，幽灵火车不是灵异事件，而是一种物理现象：时空扭曲。
火车上的人可能都没有死，由于时间膨胀效应，穿越时光的火车上乘客感觉是瞬间的事，而在现实时空中就已过了数十年，所以舒斯特能看到身着20世纪30年代服饰的妇女。帕特塞的理论认为，欧亚大陆纵横交错的铁路网是人类在地球上建造的范围最大的全球性工程，这一庞大的铁路网络可能会对时间的流逝产生影响。任何达到相当程度的空间改变都会引起瞬间的异常现象。他认为时间也是守恒的，过去了的时间并不会消失。
根据从幽灵火车上跳下来的那个意大利军官的弟弟托尼描述，当时火车在进入隧道时车上的旅客突然莫名其妙地惊慌失措，并有一股“奇怪的带黏性的白雾将这列火车整个儿吞没”。这与1943年著名的“费城实验”时的情景何等相似，当时在裘浦博士指导下的这场时空实验是舰船在人工产生的强磁场浓雾中突然消失，还使舰船上的人忽隐忽现、惊慌直至发疯。
因此或许“幽灵火车”与“果戈里头骨匣子”毫无关联，这不是果戈里的灵魂在作怪，而是这列火车当时驶进了一个强大的磁场中，(这个强大磁场可能是突然出现的，带有运动性质的，)而且这个磁场的强度远远大于“费城实验”时的人工磁场强度，所以在很多年后“幽灵火车”还能在各个地方忽隐忽现。至于这个无比强大的、突然出现的磁场来自何处?怎么产生的?至今仍是个谜。
